تحتل منطقة الميناء الجزء الجنوبي من الشاطئ. وهذا الميناء مخصص لدخول السفن الأجنبية. وتعتبر مناطق باكو وبندكان وسانتا آنا مناطق سكنية يعيش فيها أُناس من ذوي الدخل المتوسط بشكل خاص، أما منطقتا أرميتا ومالاتي فهما أكثر المناطق غلاء وتطلان على خليج مانيلا. وهناك عدة فنادق وسفارات في هذه المنطقة. ويعتبر الميناء الجنوبي منطقة الميناء الرئيسية. كما يحيط بهذا الميناء حاجز أمواج، وهناك أيضًا خمسة أرصفة يُستخدم أربعة منها لرسو السفن التجارية. ويقع مبنى الجمارك وعدد من المستودعات في الميناء الجنوبي حيث تتم عمليات شحن وتفريغ البضائع المحملة على السفن الأجنبية. أما الميناء الشمالي الذي يوجد في منطقة توندو، فإنه يعتبر ميناء للسفن العاملة داخل الفلبين. وفي هذا الميناء عدة أرصفة ومستودعات، وهذا الميناء مزدحم جدًّا حيث يعبره إلى مانيلا كثير من السفن القادمة من فيزاياس وجزر مينْداناو.
أهم وسائل النقل العام في مانيلا سيارات الجيبنيز، وهي شاحنات عسكرية مزينة، بالإضافة إلى الحافلات وسيارات الأجرة. تمر الحافلات شمالي لوزون وغربيها، ومحطاتها النهائية في مانيلا. وتستخدم الطائرات المطارات القريبة المخصصة للرحلات الداخلية والدولية. ترفع الطائرات الفلبينية العلم الوطني، وهي تقوم برحلات داخلية وخارجية، ويتم النقل النهري عبر نهر باسيغ.
توجد المحطة الرئيسية للهيئة الوطنية للسكك الحديدية الفلبينية في العاصمة مانيلا، حيث تربط هذه الخطوط العاصمة مانيلا بشمالي وجنوبي لوزون. وبالرغم من وجود وسائل النقل في مانيلا، فإن ازدحام المرور يعتبر من المشكلات الرئيسية التي تعاني منها المدينة. ويرجع السبب في ذلك إلى النمو السريع للمدينة وإلى ازدياد عدد السكان. وساهم إنشاء خط سكك حديدية سريع ـ يمر عبر المراكز التجارية في المدينة ـ في تخفيف بعض هذه المشكلات.