وفي عام 1987م تفجرت انتفاضة أطفال الحجارة في الضفة الغربية وقطاع غزة. وحينئذ تمكنت منظمة التحرير الفلسطينية من مد يد العون إلى الفلسطينيين. وفي محاولة لوضع حد للدعم القادم من منظمة التحرير الفلسطينية، قامت القوات الإسرائيلية باغتيال أبي جهاد خليل الوزير الرجل الثاني في منظمة التحرير الفلسطينية الذي كان مسؤولًا عن تدفق هذا الدعم حتى إنه لقب بمهندس الانتفاضة. ومع ذلك ظلت الانتفاضة مستمرة وازدادت ضراوة يومًا بعد يوم.
أوقف الأردن ارتباطه بالضفة الغربية في عام 1988م، وفي أواخر العام نفسه أعلن ياسر عرفات اعتراف منظمة التحرير الفلسطينية بحق إسرائيل في الوجود إلى جوار دولة فلسطينية. كما أعلن أيضًا نبذه لاستخدام العنف. وفي عام 1993م، كشف النقاب عن اتفاق أوسلو بين منظمة التحرير الفلسطينية وإسرائيل بشأن إقامة حكم ذاتي فلسطيني في الضفة الغربية وقطاع غزة. وتم التوقيع على اتفاق غزة ـ أريحا أولًا في 13 سبتمبر 1993م بواشنطن. وفي يوليو 1994م وصل ياسر عرفات إلى غزة ليدير سلطة الحكم الذاتي. وبعد أن أصبح بنيامين نتنياهو رئيسًا لوزراء إسرائيل في مايو 1996م، واجهت السلطة الفلسطينية صعوبات كثيرة في تنفيذ بنود الاتفاقية بسبب تعنته وسياساته الاستيطانية مما أدخل عملية السلام برمتها في نفق مظلم. ولم تتحسن الأحوال في عهد خلفه، أيهود باراك الذي فاز في الانتخابات عام 1996م، وأصبح رئيسًا للوزراء. فقد فشلت كافة اللقاءات بين الجانبين الفلسطيني والإسرائيلي وأشهرها لقاء منتجع كامب ديفيد برعاية الرئيس الأمريكي السابق بل كلينتون عام 2000م. ونشطت الانتفاضة بعد أن دنس مجرم الحرب آرييل شارون المسجد الأقصى في 28 سبتمبر 2000م، وقدمت مئات الشهداء وآلاف الجرحى خاصة بعد انتخابه رئيسًا للوزراء عام 2001م.
انظر أيضًا: عرفات، ياسر؛ فلسطين المحتلة.