وللمنظمة ثلاث هيئات إدارية هي: مجلس رؤساء الدول والحكومات، ومجلس الوزراء، والأمانة العامة التي يرأسها أمين عام. ويعقد المجلس الأول اجتماعًا سنويًا يحضره رئيس كل دولة عضو. ويُصوِّتُ الرؤساء على السياسات التي يُوصي بها مجلس وزراء المنظمة، والذي يتألف من وزراء الخارجية، أو أي ممثلين رسميين تعينهم حكوماتهم. ويجتمع هذا المجلس مرتين في العام على الأقل. أما الأمانة العامة فهي هيئة دائمة مقرها أديس أبابا، ومهمتها التأكد من تنفيذ سياسات المنظمة. بالإضافة إلى هذه الهيئات، فهناك عدد من الوكالات المتخصصة.
واجهت منظمة الوحدة الإفريقية عدة مشكلات. ومن هذه المشكلات نزاعات حول عضوية الدول، ونقص الموارد، وتكاليف معالجة الكوارث الطبيعية، وكذلك نزاعات حول تعيين الأمين العام ومهامه.
وفي الأول من مارس 2001م، تم الإعلان عن قيام الاتحاد الإفريقي بعد أن وقعت 51 دولة على وثيقة الاتحاد الإفريقي التي تمخضت عن القمة الإفريقية الاستثنائية التي عقدت في سرت بليبيا بدعوة من الرئيسي الليبي معمر القذافي. وفي 26 مايو 2001م، بدأ العمل، بصفة رسمية، بالاتحاد الإفريقي لدول الساحل والصحراء بديلًا لمنظمة الوحدة الإفريقية بعد أن وقعت 53 دولة إفريقية على النظام الأساسي للاتحاد في قمة لومي عاصمة توجو التي عقدت في يوليو 2000م.
الدول الأعضاء في منظمة الوحدة الإفريقية *
إثيوبيا
جيبوتي 1977م
الكونغو الديمقراطية (زائير سابقًا)
إرتريا 1993م
رواندا
كيب فيرد 1975م
أنجولا 1975م
زامبيا 1964م
كينيا 1963م
أوغندا
زمبابوي 1980م
ليبيريا
بتسوانا 1966م
ساحل العاج
ليبيا
بوركينا فاسو
ساو تومي
ليسوتو 1966م
بوروندي
وبرنسيب 1975م
مالي
بنين
السنغال
ملاوي 1964م
تشاد
سوازيلاند 1968م
مدغشقر
تنزانيا
السودان
توجو
سيراليون
المغرب
تونس
سيشل 1976م
موريتانيا
الجابون
الصومال
موريشيوس 1968م
جامبيا 1965م
غانا
موزمبيق 1975م
الجزائر
غينيا