وبإزاء التفسير العام في عصور التدوين كان التفسير الموضوعي للمباحث الخاصة يسير معه جنبًا لجنب، فألَّف ابن القيم كتابه: التبيان في أقسام القرآن، وألَّف أبو عبيدة كتابًا عن مجاز القرآن، وألَّف الراغب الأصفهاني في مفردات القرآن، وألَّف أبو جعفر النحاس في الناسخ والمنسوخ، وألَّف أبو الحسن الواحدي في أسباب النزول، وألَّف الجصاص في أحكام القرآن، وتتابعت الأبحاث القرآنية في العصر الحديث ولا يخلو واحد منها من تفسير لبعض آيات القرآن لجانب من الجوانب.