تسلم محمد بن علي العباسي التنظيم السري من أبي هاشم وبدأ مسار التنظيم الجديد يتغير عن القديم في بنيته الفكرية والاجتماعية وغيرها ولكن كان ذلك مع التدريج وقد توفرت صفات الزعامة في شخصية محمد بن علي، من قيادة واعية، وقدره على التخطيط الصحيح، وقد برهن على عبقرية فذة في التنظيم والتخطيط للدعوة، مع قناعة الإتباع بزعامته الروحية والعلمية، فقد اشتهر بالعبادة والعلم، واستمر في تشكيل الحركة على أصول العقائد السنية، واستفاد من مدرسة جده عبد الله بن عباس في ذلك كما سيأتي، وعمل على جذب الأنصار والأخذ بأسباب النصر على الأمويين، وقد استفاد من تشكيلات محمد علي التنظيمية كثير ممن جاء بعده ممن سعى لقيام دولة مع التطوير كالموحدين، والفرق الباطنية وغيرها، وقد استطاع محمد علي العباس أن يحكم قبضته على أمور الدعوة من خلال جهاز بالغ الدقة في التنظيم والإدارة وقد استمر في عمله السري حتى وفاته عام 125ه .
وهناك من العلماء من يرى أن تنظيم الدعوة العباسية قام على ثلاثة أفراد من البيت العباسي لم يقدر أن ينالوا ثمرة غرسهم، وأولهم علي بن عبد الله بن عباس الذي رأس الدعوة أكثر من عشرين سنة، وهو الذي نظم الدعاة والنقباء في كل العراق وخراسان، وولي أمر الدعوة بعده ابنه محمد علي ثم ابنه إبراهيم (1) . والذي أميل إليه من خلال البحث أن الزعيم القيادي الكبير للدعوة العباسية في المرحلة السرية هو محمد بن علي العباسي (2) ، وكان معه فريق عمل من إخوانه وأبنائه وغيرهم.
(1) - العالم الإسلامي في العصر العباسي، حسن أحمد ص 114.
(2) - الثورة العباسية فاروق عمر ص 112.