المرتفعات الوسطى. منطقة جبلية. وتمتد جبال تاباسارا إلى الشرق بدءًا من حدود كوستاريكا. بالقرب من تلك الحدود هناك بركان بارو، الذي يبلغ ارتفاعه 3,475م وقمته أعلى قمة في البلاد. ومع امتداد سلسلة الجبال شرقًا يتناقص ارتفاعها، إذ تتألف من هضاب منخفضة بالقرب من قناة بنما. وإلى الشرق من القناة يتزايد ارتفاع سطح الأرض انتهاءً بالجبال مرة أخرى، حيث توجد جبال سان بلاس وجبلا دارين ـ وهما السلسلتان الرئيسيتان في الشرق ـ وتوفر الأودية الكائنة ما بين الجبال في غربي بنما رقعة كبيرة من الأراضي الزراعية الجيدة.
المنخفضات الساحلية. أما المنخفضات الساحلية فهي مناطق ضيقة تمتد بمحاذاة ساحل بنما من جهة المحيط الأطلسي، وساحلها من جهة المحيط الهادئ به مساحات كبيرة من الأراضي الخصبة. وتوجد أغلب هذه الأراضي الخصبة في الغرب. وأما المنخفض من جهة الأطلسي فأقل خصوبة.
الخط الساحلي والجزر. يبلغ طول الخط الساحلي لبنما من جهة المحيط الهادئ 1,200كم، وأما الخط الساحلي المواجه للأطلسي فيبلغ طوله 640كم. وهناك نحو 800 جزيرة واقعة بالقرب من السواحل وتدخل ضمن الحدود الإقليمية لبنما. وأكبر هذه الجزر جزيرة كويبا وجزيرة راي، وكلتاهما على مقربة من ساحل المحيط الهادئ.
الأنهار والبحيرات. يوجد في بنما نحو 500 نهر، إلا أن هناك نهرًا واحدًا صالحًا للملاحة لمسافات طويلة وهو نهر تويرا. ويجري هذا النهر إلى مسافة 200كم في الجزء الشرقي من بنما. ولا توجد في بنما بحيرات طبيعية كبرى، إذ إنَّ أكبر بحيرة فيها هي بحيرة جاتون التي تبلغ مساحتها 420كم²، وقد أنشأها البناؤون الذين شقوا قناة بنما، وتشكل جزءًا من ممر القناة.