تتمتع بورنيو بمناخ قاري يتميز برياحه الموسمية الآتية من المحيط الهندي. يستمر موسم المطر من نوفمبر حتى أبريل من كل عام، وتتراوح كمية الأمطار الساقطة ما بين 250 و533سم§، ويصل معدل المطر السنوي إلى 305سم§. وتتراوح درجة الحرارة بين 21 و35°م بمعدل متوسط حرارة 27°م سنويًا.
تملك بورنيو بعض أغنى مستودعات النفط في العالم، وقد اكتشف الماس أيضًا في أماكن كثيرة بها. ويطلق الإندونيسيون على بورنيو اسم كاليمنتان وتعني نهر الماس. غير أن لون ماس بورنيو مائل للصفرة الخفيفة مما يجعله أقل قيمة من ماس إفريقيا. ويوجد في بورنيو أيضًا كثير من المعادن كالنحاس، والذهب، والحديد، والمنجنيز، والقصدير. وتحتوي الغابات الكثيفة على أكثر من خمسين نوعًا من الأشجار، ويُعد خشب شجرة التيك أكثر منتجات هذه الغابات قيمة. وتتجمع في بورنيو أيضًا أشجار اللُّبان الجاوي والكافور والروطان والكاد (وهو مادة تستخرج من شجر السنط وتستخدم في الصباغة) .
ينتج الساحل الغربي من الجزيرة حوالي 8% من صادرات إندونيسيا من المطاط. وبين الصادرات الأخرى لبورنيو، نجد القرنفل، والقطن، والأرز، والبن، وجوز الطيب، والقفافيز، والفلفل، وقصب السكر، والتبغ.
ويُعد الأرز الغذاء الرئيسي لبورنيو ولذا فإنهم يزرعونه في كل مكان في الجزيرة. ويزرع سكان بورنيو الفواكه والساغو (نوع من النخل) وقصب السكر، ونبات اليام للاستهلاك المحلي.
امرأة من الدياكسونيين تحصد الأرز على أحد تلال بورنيو. الأرز الطعام الرئيسي وأحد الصادرات الرئيسية للجزيرة. معظم سكان بورنيو من الدياكسونيين، ويعيشون على امتداد الساحل وفي مناطق الجبال.