في 1515م، انتصر الفرنسيون على السويسريين في مارنيانو بإيطاليا، وتكبَّد السويسريون خسائر فادحة جعلتهم يتساءلون عن مدى سلامة سياسة التوسع التي كانوا يتبعونها. وسرعان ما تبنت سويسرا سياسة الحياد وابتعدت عن الحروب الخارجية منذ ذلك الوقت.
انضمت بين عامي 1481 و 1513مخمسة كانتونات جديدة إلى الاتحاد السويسري وأصبح المجموع ثلاثة عشر كانتونًا، كل منها يحكم نفسه منفردًا كأنه مستقل استقلالًا شبه تام. فقد سادت ديمقراطية الفلاحين في بعض الكانتونات، بينما كان الحكم في كانتونات أخرى في قبضة أسر قوية أو مجموعات مهنية تدعى زيونفت (اتحادات) . وكان كثير من الكانتونات يمتلك أراضي مجاورة، إما امتلاكًا كاملًا أو بالاشتراك مع كانتونات أخرى. ولم يكن للاتحاد حكومة مركزية، بل كان مندوبون من كل كانتون يجتمعون بين الحين والآخر في مجلس يدعى دستور اليوم لبحث أمور مختلفة، لكن هذا المجلس لم يكن يتمتع بأية سلطة حقيقية.
الحروب الأهلية الدينية. انتشر الإصلاح الديني بسرعة كبيرة في سويسرا في أوائل القرن السادس عشر الميلادي. وكان هولدريتش زوينجلي، أحد كبار قادة الحركة البروتستانتية، ينشر تعاليمه في مدينة زيوريخ. كما حول جون كالفن، وهو أيضًا من قادة الحركة البروتستانتية الكبار ،جنيف إلى مركز عالمي للحركة انظر: الإصلاح الديني اللوثري. وقد قسمت حركة الإصلاح سويسرا إلى معسكرين مسلحين: البروتستانتي والروماني الكاثوليكي. وتقاتلت المجموعتان في 1529 و1531 و1656 و1712م دون أن تفوز أي منهما بالسيطرة الكاملة.
السيطرة الفرنسية. في 1798م، حين كانت الثورة الفرنسية متأججة، اجتاحت الجيوش الفرنسية سويسرا واحتلت البلاد بسرعة، وأقامت فيها الجمهورية الهلفتية ومنحت الحكومة السويسرية الجديدة سلطة مركزية قوية، وتحولت الكانتونات إلى مجرد مناطق إدارية تابعة للحكومة.