وقد أدى التغيُّر السياسي الكبير إلى كثير من الاضطرابات وعدم الرضا بين السويسريين، وأعاد نابليون الفرنسي تأسيس الكانتونات الثلاثة عشر في عام 1803م وأسس ستة كانتونات جديدة من أراضيها. وبهذا قلص قوة الحكومة المركزية وأعاد لكثير من الكانتونات حكمها الذاتي.
وبعد هزيمة نابليون النهائية عام 1815م، منح مؤتمر فيينا سويسرا ثلاثة كانتونات كانت خاضعة لفرنسا. انظر: فيينا، مؤتمر. وأعيد النظام الاتحادي القديم بشكل مماثل لشكله القديم إلى حد كبير، حيث أعطيت الحكومة المركزية سلطة ضئيلة. كما ضمن مؤتمر فيينا الحياد السويسري، فقد أدركت القوى الأوروبية في المؤتمر أن حياد سويسرا يخدم مصلحة أوروبا بأكملها. واستمر هذا الحياد منذ ذلك المؤتمر.
دستور عام 1848م. مع حلول عام 1830م، كان الكثيرون من أبناء سويسرا قد أخذوا يطالبون بإصلاحات سياسية، بما في ذلك حقوق الأفراد وحرية الصحافة، وكذلك بقدر أكبر من الوحدة الوطنية. وقد أطيح بحكومات بعض الكانتونات على نحو سلمي، لكن بعض الكانتونات الأخرى كانت مسرحًا للمظاهرات، وتزايدت قوة الحركة الإصلاحية، وتجمّعت سبعة كانتونات معًا في كتلة معارضة للتغييرات، لكنها هزمت في حرب أهلية دامت ثلاثة أسابيع عام 1847م.
في عام 1848م، تبنت سويسرا دستورًا جديدًا أقيم بموجبه نظام ديمقراطي فيدرالي ذو هيئة تشريعية مكونة من مجلسين. كما أقيمت سلطة فيدرالية يخضع لها الاتحاد. وضمن الدستور الحرية الدينية وغيرها من حقوق الأفراد. وقد عدّل الدستور عام 1874م بهدف زيادة سلطات الحكومة وخاصة فيما يتعلق بالأمور العسكرية وبالمحاكم.
وفي عام 1863م، قام رجل الأعمال والكاتب السويسري جان هنري دونان بتأسيس جمعية الصليب الأحمر في جنيف. وقد أخذ علم الصليب الأحمر من العلم السويسري بعد تبديل اللونين. انظر: الصليب الأحمر.