في مايو 1992م قامت جماعة من الضباط بإسقاط الحكومة وفرّ مومو إلى غينيا، وتم تكوين مجلس حاكم أعلن حالة الطوارئ مع إجراء تعديلات في الحكومة وتعليق النشاط السياسي. وأصبح الكابتن فالنتين ستراسر رئيسًا للبلاد. دارت حرب أهلية بين الحكومة وقوات كوربورال فودي سانكو الذي كان قد تمرد على حكومة مومو في 1991م. وفي 15 مارس 1996م، انتخب أحمد تيجان كاباح رئيسًا لسيراليون في أول انتخابات متعددة منذ عام 1967م. وقعت الحكومة اتفاق مع المتمردين في 30 نوفمبر 1996م أنهى أكثر من خمس سنوات من الحرب. لم تعمر الحكومة المدنية إلا قليلًا، إذ أطاح بها انقلاب في 25 مايو 1997م، بقيادة الرائد جوني بول كوروما بدعم من قوات الجبهة الثورية المتحدة التابعة لسانكو. وشكل كوروما حكومة عسكرية ضمت سانكو. وفي مارس 1998م، نجحت القوات النيجيرية تحت مظلة قوات التدخل الإفريقية التابعة لمنظمة الوحدة الإفريقية في إلحاق هزيمة عسكرية كبيرة بالانقلابيين الذين فروا خارج البلاد، وعاد كاباح لسيراليون بصحبة الرئيس النيجيري ساني أباشا واستعاد سلطته. وفي عام 1999م، وقع كاباح وسانكو اتفاقية للسلام، وحظي بعض قادة الجبهة الثورية المتحدة بمناصب في الحكومة الجديدة. انهار الاتفاق مرة أخرى في نهاية عام 2000م، وعادت أجواء الحرب تلقي بظلالها رغم انتشار قوات الأمم المتحدة بين الفرقاء، ورغم نداءات مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة لوقف الحرب الأهلية الدائرة لأكثر تسع سنوات. انتهجت سيراليون سياسة عدم الانحياز.