انتخبه مجلس النواب رئيسًا لمجلس الرئاسة عقب الانتخابات التشريعية التي جرت في الجمهورية العربية اليمنية يوم السابع والعشرين من أبريل عام 1993م. استطاع وبمساعدة الوحدويين إلحاق الهزيمة بالانفصاليين في الحرب التي جرت في منتصف عام 1994م وأبقى على اليمن موحدًا. وفي 27 أبريل 1997م، فاز المؤتمر الشعبي بأغلب مقاعد البرلمان، وبدأ صالح فترة رئاسية جديدة. وفي نوفمبر 2000م، وافق البرلمان اليمني على تعديل الدستور بما يسمح للرئيس اليمني بمد فترة رئاسته إلى سبع سنوات بدلًا من خمس وبحل البرلمان. وقضى التعديل، أيضًا، بمد دورة البرلمان إلى ست سنوات بدلًا من أربع سنوات. وقد أحيلت مشروعات التعديلات الدستورية على استفتاء شعبي في فبراير 2001م وتمت الموافقة عليها. وتم انتخاب ممثلي المجالس المحلية والمحافظات في اليوم نفسه.