وتكونت حكومة طالبان من أمير المؤمنين ونائبه، والمجلس الحاكم الذي يعمل تحت إشراف أمير المؤمنين، ومجلس الوزراء الذي يرأسه نائب الأمير، ومجلس الشورى المركزي ومجلس الشورى الأعلى، والولاة الذين يعينهم الأمير، والقيادة العسكرية، ودار الفتوى، والقرارات التي تتخذها هذه الهيئة غير ملزمة لأمير المؤمنين.
وعندما تعرضت الولايات المتحدة الأمريكية إلى هجوم إرهابي أدى إلى تدمير مركز التجارة العالمي في مدينة نيويورك، بالإضافة إلى تدمير أجزاء من وزارة الدفاع الأمريكية (البنتاجون) بوساطة طائرات مدنية مخطوفة ارتطمت بهذه الأماكن في 11 سبتمبر 2001م، وجهت الحكومة الأمريكية الاتهام إلى أسامة بن لادن وتنظيمه، تنظيم القاعدة، الذي يتخذ من أفغانستان مقرًا. طالبت الولايات المتحدة الأمريكية حكومة طالبان بتسليم ابن لادن تمهيدًا لمحاكمته. رفضت حكومة طالبان تسليم ابن لادن لعدم وجود دليل، من وجهة نظر طالبان، على ضلوعه في الأعمال الإرهابية. وفي السابع من أكتوبر من العام نفسه، بدأت الولايات المتحدة حربًا ضد أفغانستان، واستطاعت قبل نهاية العام، ديسمبر 2001م، اسقاط حكومة طالبان وطردها من السلطة.
انظر أيضًا: أفغانستان؛ الإرهاب.