وكذلك استطاع المجاهدون بقياده الملا أختر محمد منصور أن يحرّروا مناطق واسعة من سيطرة العدوّ ويقيموا فيها إدارة إسلامية منظّمة.

بعد وفاة أمير المؤمنين:

وحين توفي الملا محمد عمرالمجاهد بتاريخ 23/ 4/2013 م قام عدد من أعضاء المجلس القيادي في الإمارة الإسلامية، والعلماء الأفاضل، والشخص الوسيط الخاص الذي كان بينه وبين المجلس القيادي، وأصحاب الملا محمد عمر المجاهد الملازمون الذين كانوا يعيشون معه ببيعة الملا أختر محمد منصور وعيّنوه أميرًاجديدا للإمارة الإسلامية.

و بما أن عام 2013 م كان عام اختبارالقوّة العسكرية للجانبين، وكانت المقاومة شديدة بين القوات الصليبية وبين المجاهدين، قرّر أهمّ أعضاء الشوري القيادي وعدد من العلماء الشيوخ بأنّ هذا الوقت يصادف الأيام الأخيرة لعرض الاحتلال الصليبي بقيادة أمريكا لقوّته العسكرية ضدّ المجاهدين، وأنّ عام 2014 م الذي عينه المحتلّون لتعيين مصير احتلالهم في هذا البلد وسحب قواتهم منه قادم، ففُضّل بغرض المصلحة الجهادية وبموافقة العلماء كتم خبر وفاة المرحوم أميرالمؤمنين عن بقية الناس، وهكذا بقي الخبر سرًّا مصونًا إلي تاريخ 30/ 7/ 2015 م بشكل خارق للعاده نظرًا للمصلحة الجهادية الخاصة.

اختياره أميرًا جديدا للإمارة الإسلامية:

بعد الإعلان الرسمي لخبر وفاة أمير المؤمنين الملا محمد عمر المجاهد بتاريخ 14/ 8/ 1436 من الهجرة النبوية الموافق لتاريخ 30/ 7/ 2015 م من الميلاد فوض الملا أختر محمد منصور بقصد مزيد من طمأنة المجاهدين أعضاء الشوري القيادي والعلماء أمر تعيين مصيره هو، وأمر اختيار زعيم جديد، وقال لهم بأنه يوافقهم في أي شخص يختارونه بصفة الزعيم.

وبعد مناقشات ومشاورات طويلة وتقييم للمصلحة من قبل المجلس الذي كان يضم أعضاء مجلس الشوري، والشيوخ، والعلماء الوجهاء الذين كانوا يتصفون بصفة أهل الحل والعقد فاختار المجلس الملا أختر محمد منصور أميرًا جديدًا لإمارة أفغانستان الإسلامية من دون أن يكون حاضرًا في المجلس.

وبعد تعيين الملا أختر محمد منصور أميرًا للإمارة الإسلامية أعلن أعضاء الشوري القيادي، ومسؤولو جميع اللجان في الإمارة الإسلامية، ومسؤولو القضاء والمحاكم، والقادة العسكريون، والمسؤولون الجهاديون لجميع