وكتابه التفسير أشهر كتبه، وقد طُبع في ثلاثين جزءًا أولًا بالمطبعة الأميرية ببولاق سنة (1321 هـ) ، وطبع عدّة طبعات بعدها وصوِّر مرَّات، ثم حقّقه المحدث محمود محمد شاكر وطبع منه 16 مجلدًا إلى نصف الكتاب تقريبًا ولم يتمَّه، وطبعه بدار المعارف بمصر سنة (1374 هـ) .

وقد فُصل أخيرًا كلام ابن جرير الذي أنشأه من قبل نفسه في التفسير فطبع هذه السنة في سبعة مجلدات طبعته مؤسسة الرسالة بلبنان.

والكتاب في الحقيقة على أهميته القصوى يحتاج عناية وتصحيحًا وتوثيقًا لنصِّه، ودراسة لأسانيده وتخريجها، ولو إتمامًا لعمل الشيخ محمود شاكر.

وأما من ناحية نُسَخه الخطيَّة فهي كثيرة ذكر منها سزكين وبروكلمان عدة أزاء منه، لكنها نسخ غير تامة في الغالب، ولا تخلو مكتبة كبرى في مدن العالم إلا وفيها هذا التفسير مطبوعًا أو مخطوطًا.

ومن أكبر نسخه حجمًا:

1 -في المكتبة المحمودية بالمدينة النبوية والمحفوظة الآن بمكتبة الملك عبد العزيز العامة غرب المسجد النبوي، منها خمسة مجلدات كبار أرقامها من (115، 116، 117، 118، 122) وكل مجلد فيه (1006 ورقة، 634 ورقة، 766 ورقة، 870 ورقة، 612 ورقة) .

2 -وفي مكتبة محمد مراد ملا بتركيا نسختان إحداهما في خمسة مجلدات والثانية في أربعة مجلدات، أرقامها متسلسلة فيها من (111 - 121) .

3 -وفي مكتبة آيا صوفيا باستنبول ثلاث نسخ في مجلدات كبار يصل أحدها إلى 253 ورقة، وأرقامها في تسلسل المكتبة الخاصة من (101 - 112) ، الأولى مكتوبة في 1144 هـ والثانية والثالثة في نفس القرن الثاني عشر.

4 -في مكتبة كوبرلي باستنبول نسخة في أربعة مجلدات كبار أرقام حفظها فيها (85 - 88) ، وورقاتها على الترتيب (380 ق من أول القرآن إلى سورة آل عمران و 406 ق من النساء إلى يونس و 409 ق من هود إلى العنكبوت و 405 ق من العنكبوت إلى آخر القرآن) وكلها منسوخة سنة (1083 هـ) .

5 -وفي مكتبة عاطف أفندي باستنبول نسخة في خمسة مجلدات كبار منسوخة كلها سنة (1140 هـ) ، أرقامها على الترتيب من (186 - 190) ، وعدد أوراقها كذلك (471 ق، و 471 ق، و 419 ق، و 437 ق، و 465 ق) .