والذي أنشئ عام 1961 بموجب القانون 103 المتعلق بتطوير الأزهر، على أن يرأسه شيخ الأزهر، و أن يكون له أمين عام و يضم عدة لجان: لجنة القرآن و لجنة البحوث الفقهية ولجنة إحياء التراث الإسلامي ولجنة الدراسات الإسلامية، وتقوم لجنة البحوث الفقهية بتقنين الشريعة الإسلامية على المذاهب المختلفة كما يقوم المجمع ببحث القضايا التي تهم العالم الإسلامي و إصدار البحوث التي تتضمن رأى الإسلام في هذه القضايا ويعقد مؤتمرًا عامًا يدعى إليه علماء العالم الإسلامي كل عام لمناقشة هذه البحوث.

وقد أصدر هذا المجمع فتوى في حق محمود محمد طه هذا نصها:

بسم الله الرحمن الرحيم

5/ 6/1972 م.

الأزهر - مجمع البحوث الإسلامية

مكتب الأمين العام

السيد الأستاذ ـ وكيل وزارة الشئون الدينية والأوقاف بالسودان

السلام عليكم ورحمة الله وبركاته. وبعد

فقد وقع تحت يدي لجنة الفتوى بالأزهر الشريف كتاب الرسالة الثانية من الإسلام تأليف محمود محمد طه طبع في أم درمان الطبعة الرابعة عام 1971 م ص. ب 1151

وقد تضمن هذا الكتاب أن الرسول (- صلى الله عليه وسلم -) بعث برسالتين فرعية وبرسالة أصلية، وقد بلغ الرسالة الفرعية، وأما الأصلية فيبلغها رسول يأتي بعده، لأنها لا تتفق والزمن الذي فيه الرسول.