الأرز المحصول الرئيسي في اليابان، حيث تعتبر اليابان إحدى دول العالم الرئيسية في إنتاج الأرز، الذي يشغل أكثر من 50% من الأراضي الزراعية. كما يزرع اليابانيون محاصيل أخرى مثل: بنجر السكر، والشاي، والتبغ والقمح بالإضافة لمحاصيل الفاكهة كالتفاح، واليوسفي، والبرتقال، والكمثرى والفراولة. وهم ينتجون خضراوات متنوعة مثل الباذنجان والكرنب والجزر والكرنب الصيني والخيار والبطاطس والبصل والبطاطا الحلوة والطماطم والفجل الأبيض.
أخذ اليابانيون منذ مطلع النصف الثاني من القرن العشرين يأكلون كميات أكبر من منتجات الألبان، والبيض واللحوم. لذلك تزايدت أعداد مشروعات الثروة الحيوانية والدواجن. وكان الكثير من المزارعين اليابانيين قبل الحرب العالمية الثانية يستأجرون الأراضي التي يزرعونها مقابل إعطاء المالك نصف إنتاجها. أما بعد الحرب، وبفضل الإصلاح الزراعي الذي طُِّبق، فقد تقلص حجم الحيازات الزراعية، وتمكن المزارعون من شراء الأراضي التي يفلحونها، لذلك تبلغ نسبة المزارعين المالكين لأراضيهم في الوقت الحاضر 90%.
صناعة صيد السمك. اليابان واحدة من الدول الرائدة في العالم في صيد الأسماك وتصنيعها، فهي توظف 1% من القوى العاملة اليابانية التي تصطاد 10 مليون طن من الأسماك سنويًا. تملك اليابان أكبر أسطول لصيد الأسماك في العالم، إذ يضم ما يزيد على 400,000 سفينة وقارب، تقوم بالصيد في المياه الإقليمية الدولية. واليابان الدولة الأولى في إنتاج سمك التونة والثانية، بعد الولايات المتحدة، في إنتاج السالمون. بالإضافة إلى العديد من الأسماك الأخرى.
تأثر إنتاج الأسماك سلبيًا بالتلوث البحري الناجم عن الفضلات الصناعية. كما كانت اليابان من كبار صائدي الحيتان في العالم، إلا أنها خفضت تدريجيًا هذا النوع من الصيد.