في 1981م أقر الناخبون دستورًا جديدًا للبلاد، نص على قيام مجلس وطني. في 1982م انتخب المجلس باعتباره أول هيئة تشريعية في بوروندي منذ 1965م.
تدهورت العلاقات تحت قيادة باجازا، بين حكومة بوروندي والكنيسة الكاثوليكية ذات النفوذ؛ حيث أصبحت إقامة الصلوات تحتاج إذنًا من الحكومة. أدى عدم الرضا في صفوف الجيش، بسبب العلاقات مع الكنيسة، إلى الإطاحة بباجازا في سبتمبر 1987م، خلف الرائد بيير بيويوا باجازا وعمل من أجل إتاحة حريات دينية أكبر في بوروندي. أقرت بوروندي دستورًا ديمقراطيًا جديدًا في مارس 1992م. وجرت أول انتخابات رئاسية بالبلاد في يونيو 1993م، فاز فيها زعيم الجبهة من أجل الديمقراطية ملتشور نداداي، من الهوتو، وأصبح رئيسًا لبوروندي. وفي أكتوبر من نفس العام اغتاله بعض الجنود التوتسي في محاولة انقلابية. أعقب هذه المحاولة حرب أهلية عرقية واسعة. وفي يناير 1994م، عين البرلمان سايبرين نتاياميرا، من الهوتو أيضًا، رئيسًا مؤقتًا للبلاد. وفي أبريل من نفس العام لقي نتاياميرا والرئيس الرواندي جوفنال هيبارمانا مصرعهما بعد إسقاط الطائرة التي كانت تقلهما أثناء هبوطها في مطار كيجالي عاصمة رواندا. اختار البرلمان سلفستر نتبانتجينا، من الهوتو رئيسًا جديدًا. ظلت أحداث العنف العرقية تراوح مكانها في بوروندي بعد الانقلاب الدامي الذي حدث عام 1993م. وفي يوليو 1996م، أطاح انقلاب عسكري دبر له التوتسي بالرئيس نتبانتجينا وحكومته وعين بايويا رئيسًا للبلاد.
انظر أيضًا: بوجومبورا؛ رواندا أوروندي؛ رواندا.