في أواخر الثمانينيات بدأت جماعات المعارضة بالتظاهر العلني ضد الحكم الشيوعي. وطالبت بتحسين السكن، وإعطائهم حريات أكثر لتسيير شؤونهم الذاتية. وفي عام 1989م حلت اللغة الطاجكية رسميًا محل اللغة الروسية. في عام 1990م، أعلن الطاجك أسبقية تطبيق قوانينهم على القوانين السوفييتية. وفي عام 1991م أدخلت الحكومة نظام السوق الحر، وأخذت تبيع المنشآت العامة للقطاع الخاص، في سبتمبر 1991م، أعلن الطاجك استقلالهم بعد تفكك الاتحاد السوفييتي. وفي يناير من العام نفسه تشكل كومنولث الدول المستقلة من جمهوريات الاتحاد السوفييتي المنحل.
وفي سبتمبر 1992م أجبرت جماعات المعارضة الشيوعية والجماعات الإسلامية الرئيس رحمن نابييف على الاستقالة. خلف نابييف الرئيس إمام الله رحمانوف.وفي عهده، 1994م، أقرت طاجكستان دستورًا جديدًا. واستطاع إمام الله أن يقضي على بعض متمردي الجيش وعقد سلسلة من المفاوضات والاتفاقيات مع قادة المعارضة كان آخرها في 23 ديسمبر 1996م بموسكو برعاية فيكتور شرنوميردين رئيس الوزراء الروسي. تبلورت هذه المفاوضات بتوقيع اتفاقية سلام بين الحكومة والمعارضة عام 1997م، وبها انتهت الحرب الأهلية في البلاد.
انظر أيضًا: دوشانبي؛ كومنولث الدول المستقلة.