يقوم نظام المواصلات العامة في طوكيو على شبكة متداخلة من الطرق الحديدية وقطارات الأنفاق وخطوط الحافلات. وتمتد خطوط السكك الحديدية إلى المناطق الأكثر بعدًا وإلى أجزاء أخرى في اليابان. وتقوم الخطوط الحديدية الوطنية اليابانية بإدارة بعض هذه الخطوط بينما يمتلك القطاع الخاص بعض الخطوط الأخرى، وتُعَدُّ قطارات المسافات الطويلة في طوكيو من أسرع القطارات وأكثرها كفاءة على مستوى العالم. ويتزاحم حوالي عشرة ملايين شخص يوميًا على هذه القطارات كما يستقل ثلاثة ملايين شخص آخر قطارات المترو التي تسير في سبعة اتجاهات في داخل طوكيو يوميًا. يعمل في بعض هذه المحطات موظفون مهمتهم دفع الركاب داخل القطار لإفساح مزيد من المكان لركاب آخرين. انظر: المدينة. ويقوم القطار ذو الخط الحديدي الواحد، وهو واحد من الخطوط القليلة الناجحة في العالم، بنقل الركاب من وسط مدينة طوكيو إلى مطار طوكيو الدولي الواقع في أقصى الجزء الجنوبي من المدينة. وتقوم الحافلات بنقل 6 ملايين راكب يوميًا.
تعمل في مطار طوكيو الدولي الذي يسمى أيضًا بمطار هانيدا حوالي 20 شركة طيران رئيسية وفق برنامج مجدول يربط بين مطار طوكيو الدولي والمدن الأجنبية. وتتّسم حركة الطيران من وإلى طوكيو بالازدحام، ولذلك كان لابد من إنشاء مطار أكبر. ولقد تم إنشاء مطار طوكيو الدولي الجديد الذي يُسمى أيضًا ناريتا على بعد 64كم شمال شرقي وسط طوكيو. وتم إكمال الإنشاءات في عام 1973م إلا أن افتتاح المطار تأجل بسبب اعتراضات واحتجاجات سكان المنطقة وآخرين وما صاحب ذلك من أعمال عنف أحيانًا. وتم افتتاح المطار أخيرًا في عام 1978م.