لم تعترف منظمة التحرير الفلسطينية آنذاك بحق إسرائيل في البقاء. وفي عام 1988م قام عرفات بإقناع منظمة التحرير الفلسطينية بالاعتراف بحق إسرائيل في الوجود، جنبًا إلى جنب مع دولة فلسطينية مستقلة، تقام في غزة وأريحا التي احتلتها إسرائيل في حرب عام 1967م.انظر: إسرائيل.
اتفاق غزة ـ أريحا.ياسر عرفات وكلينتون وإسحاق رابين.
انتخب المجلس الوطني الفلسطيني عرفات رئيسًا للدولة الفلسطينية. وفي سبتمبر 1993م، اعترفت إسرائيل ومنظمة التحرير الفلسطينية بعضهما ببعض، ووقعتا اتفاقية تتضمن خطوات نحو إنهاء الصراع بينهما. وتكفلت الاتفاقية ببداية خطة لحكم ذاتي للفلسطينيين وانسحاب إسرائيل من قطاع غزة والضفة الغربية.
انحسرت توقعات السلام في الشرق الأوسط عندما أبعدت إسرائيل في سبتمبر 1992م حوالي 415 فلسطينيًا إلى مرج الزهور بلبنان وذلك بتهمة الانتماء إلى حركة حماس والجهاد الإسلامي. لكن بعد محادثات سرية جرت في عام 1993م استمرت حتى مايو 1994م وقع رابين وياسر عرفات اتفاق السلام الذي وعد بحكم ذاتي للفلسطينيين. وترتب على ذلك الاتفاق دخول ياسر عرفات إلى غزة وبداية تسلم منظمة التحرير الفلسطينية إدارة الحكم الذاتي في غزة وأريحا. انتخب رئيسًا للسلطة الفلسطينية في 21 يناير 1996م بعد أن حاز 88% من أصوات الناخبين. احتفظ عرفات بعلاقات فاترة مع رئيس الوزراء الإسرائيلي السابق بنيامين نتنياهو بسبب سياسات الأخير الاستيطانية ومحاولاته التنصل من اتفاقيات السلام المبرمة مع الفلسطينيين. أما علاقاته بخلف نتنياهو إيهود باراك فقد ساءت بعد أن ارتكب الأخير مذابح الأقصى الشهيرة، أكتوبر 2000م، ضد الشعب الفلسطيني الأعزل إلا من الحجارة. توقفت عملية السلام تمامًا بنهاية عام 2000م، خاصة بعد فوز السفاح شارون بمنصب رئيس الوزراء. حاز عرفات جائزة نوبل للسلام مشاركة مع إسحاق رابين وشيمون بيريز عام 1994م.