عاش مع فاطمة رضي الله عنها لا يقرن بها زوجة حتى ماتت بعد موت النبي عليه الصلاة والسلام بستة أشهر، وهذا رعاية لها ورعاية لمقام أبيها لا شك فيها. وقد وَلدت له أشهر أبنائه وبناته: ¸الحسن، الحسين، محسن، أم كلثوم، زينب·، وماتت ولما تبلغ الثلاثين من عمرها رضي الله تعالى عنها. وقد تزوج عليّ بعدها تسع نساء وهن ¸خولة بنت جعفر بن قيس، ليلى بنت مسعود بن خالد، أم البنين بنت حِزام بن خالد، أم ولد، أسماء بنت عُميس الخثعمية، الصّهباء وهي أم حبيب بنت ربيعة بن بجير، أمامة بنت أبي العاص بن الربيع، أم سعيد بنت عروة بن مسعود، مُحيّاة بنت امرئ القيس بن عدي. وقد رُزق منهن أبناء وبنات. وأما أبناؤه فهم؛ الذكور: محمد الأكبر الملقب ابن الحنفية، عبيد الله، أبو بكر، العباس الأكبر، عثمان الأكبر، جعفر الأكبر، عبد الله، محمد الأصغر، يحيى، عون، عمر الأكبر، محمد الأوسط. وأما الإناث فهن: رقية، أم الحسن، رَمْلَة، أم هانئ، ميمونة، زينب الصغرى، رملة الصغرى، أم كلثوم الصغرى، فاطمة، أُمامة، خديجة، أم الكرام، أم سلمَة، أم جعفر، جمانة، نفيسة. ويرجح أن يكون عدد أولاده 34 ولدًا، منهم 15 ذكرًا و 19 أنثى.