جاء ذكر ابن سبأ أيضا في مصادر الشيعة الإمامية الأوائل مثل:

کتاب مسائل الإمامة للناشئ الأكبر المتوفي سنة 293 ه: وفرقة زعموا أن عليا رضي الله عنه حي لم يمت، وأنه لا يموت حتى يسوق العرب بعصاه، وهؤلاء هم السبئية أصحاب عبد الله بن سبأ، وكان عبد الله بن سبأ رجلا من أهل صنعاء يهوديا .. وسكن

وكذلك كتاب المقالات و الفرق للقمي جاء فيه أن عبد الله بن سبأ أول من أظهر الطعن على أبي بكر وعمر وعثمان والصحابة، وتبرأ منهم، وادعى أن عليا أمره بذلك.

وفي كتاب فرق الشيعة للنوبختي عن أخبار ابن سبأ فيذكر: أنه لما بلغ ابن سبأ نعي علي بالمدائن، قال للذي نعاه: كذبت لو جتنا بدماغه في سبعين صرة وأقمت على قتله سبعين عدلا لعلمنا أنه لم يمت ولم يقتل، ولا يموت حتى يملك الأرض.

وفي شرح نهج البلاغة ذكر ابن أبي الحديد: «فلما قتل أمير المؤمنين عليه السلام أظهر ابن سبأ مقالته وصارت له طائفة وفرقة يصدقونه ويتبعونه.

وقال أبو جعفر الطوسي المتوفي سنة 460 ه في كتاب تهذيب الأحكام أن ابن سبأ رجع إلى الكفر وأظهر الغلو.

يقول: المؤرخ الشيعي في «روضة الصفاء: «أن عبد الله بن سبأ توجه إلى مصر حينها علم أن مخالفيه (عثمان بن عفان) كثيرون هناك، فتظاهر بالعلم والتقوى، حتى افتتن الناس به، وبعد رسوخه فيهم بدأ يروج مذهبه و مسلکه، ومنه، إن لكل نبي وصيا وخليفته، فوصى رسول الله وخليفته ليس إلا عليا المتحلي بالعلم، والفتوى، والمتزين بالكرم، والشجاعة، والمتصف بالأمانة، والتقي، وقال: إن الأمة ظلمت عليا، وغصبت حقه، حق الخلافة، والولاية، ويلزم الآن على الجميع مناصرته و معاضدته، وخلع طاعة عثمان وبيعته، فتأثر كثير من المصريين بأقواله و آرائه، وخرجوا على الخليفة عثمان» .