في عام (317 هـ/930 م) تمكن القرامطة دعاة الفاطميين في شرق الجزيرة العربية من الاستيلاء على مكة المكرمة في موسم الحج، فأخذوا معهم الحجر الأسود، ثم أعيد إليها عام (339 هـ) .

وفي عام (331 هـ) أسند الخليفة العباسي ولاية مكة المكرمة للأخشيديين في مصر، فحكموها إلى (357 هـ) ، قاست مكة في هذه المدة كثيرًا من الضيق والاضطراب، جراء الأحداث التي نشبت بين الأخشيديين وبني رائق، مما تسبب في منع الحج لست سنوات (332 - 338 هـ) .

الثانية: مرحلة الارتباط بالفاطميين: (358 - 546 هـ)

بعد سقوط الدولة الإخشيدية في مصر على يد الفاطميين عام (358 هـ/969 م) أعلن كبير الأشراف بمكة جعفر بن محمد ولايته على مكة، وأسس حكومة الأشراف فيها، وأعلن تبعيته للفاطميين في مصر، فاستمرت قرنين من الزمان في اضطراب مستمر، تتحسن حينًا، وتسوء أحيانًا أخرى، وكانت في كثير من الأحيان لا تتجاوز الولاء الرسمي، من الدعاء لهم على المنابر، وقبول المنح والعطايا منهم.

وقد عانت مكة خلال هذه الفترة كثيرًا من الضيق والغلاء، ووضعت الضرائب على الحجاج، وبنيت القلاع والأسوار، وضعف النشاط العلمي إثر تفرق أعلامها في الأمصار.

الثالث: مرحلة الارتباط بالزنكيين والأيوبيين: (546 - 652 هـ/1151 - 1254 م)