تصب مياه البحيرة في المحيط الأطلسي خلال نهر سانت لورنس. ويربط نهر نياجارا وقناة ويلاند بحيرة أونتاريو ببحيرة إيري الواقعة في الجانب الجنوبي الغربي. وترتبط البحيرة بنهر هدسون وبمدينة نيويورك بوساطة قناة إيري ونهر جينيسي وقناة أوسويجو. تصب في بحيرة أونتاريو أنهار بلاك، وجينيسي، وأوسيجو، وترينت، وهمبر. وتطل على البحيرة عدة موانئ هامة منها روشستر، ونيويورك. أما الموانئ الكندية فهي كوبورج، وتورونتو، وهاملتون، وكنجستون.
انظر أيضًا: البحيرات العظمى.