وفي عام 1541م نصّب الملك هنري الثامن نفسه ملكًا على أيرلندا، وقام الأيرلنديون بعدة انتفاضات ضد الحكم الإنجليزي. ففي عام 1603م تمكنت الملكة إليزابيث من إخماد ثورة كبيرة في ألستر، أكبر المحافظات. وفي عام 1607م، هرب عدد من زعماء البلاد، ومنح الملك جيمس الأول أراضي وممتلكات هؤلاء إلى البروتستانتيين الإنجليز والأسكتلنديين. وهذا الحدث هو الذي أدى إلى الأغلبية البروتستانتية الموجودة حاليًا في أيرلندا الشمالية.
وبدأ تدفق الوافدين الجدد منذ عام 1610م وانتشروا في مقاطعتي داون وأنتريم، وأخذت المزارع التجارية تجذب المزيد من الناس من بريطانيا، مما أثار سخط الأيرلنديين وثورتهم التي أدت إلى الحرب الأهلية. وتركز أحد أسبابها في الخلاف حول من يقوم بقيادة الجيش الذي يدافع عن الوافدين. ثم حدثت أزمة أخرى حين حاول الملك جيمس الثاني استخدام ألستر لاستعادة العرش الإنجليزي وفشل إثر هزيمته في معركة بوين (1690م) .
وخلال القرن الثامن عشر، شهدت البلاد هجرة واسعة للبروتستانتيين إلى أمريكا. وفي عام 1801م، توحدت البلاد مع بريطانيا وازدهرت على إثرها صناعة النسيج مما أدى إلى ارتفاع مستوى المعيشة بالمقارنة مع أيرلندا الجنوبية ذات الغالبية الكاثوليكية والمستوى المعيشي المتدني.