يزدحم ملايين اليابانيين في طوكيو العاصمة التي يبلغ عدد سكانها ثمانية ملايين وثلث المليون نسمة. تبلغ الكثافة السكانية في طوكيو 14,000 نسمة/كم². يعيش في كل من: يوكوهاما وأوساكا وناغويا أكثر من مليوني نسمة. وهناك سبع مدن أخرى يتجاوز سكانها المليون نسمة.
سلالة اليابانيين. وجد العلماء أدلة تفيد أن اليابانيين ينحدرون من شعوب عدة هاجرت إلى جزر اليابان من مناطق مختلفة من آسيا. فمعظمهم جاء عبر موجات من شمال شرقي البر الآسيوي عبر شبه الجزيرة الكورية. وبعضهم جاء من جزر تقع جنوبي اليابان. غير أن الجزر اليابانية كانت مأهولة منذ عام 4500 ق.م بالسكان الذين عملوا بالصيد البري والبحري، وجمع النباتات والثمار. وتُعرف هذه الحضارة المبكرة بجومون التي تعني نمط الحبل، حيث كان يصنع السكان الفخار المزين برسم يشبه الحبال.
ظهرت خلال القرن الثالث قبل الميلاد، موجات أخرى من المهاجرين، حيث حل محل الجومون مجتمع زراعي. وقد دُعيت هذه الحضارة باسم يايوي. لقد عمل هؤلاء السكان في زراعة الأرز في الحقول المروية، وأقاموا القرى على امتداد الأودية النهرية والسهول الساحلية. ويعتقد أن اليابانيين الحاليين ينحدرون من هذه السلالة. كما يعتقد العلماء أن السكان الذين عاشوا في اليابان حوالي عام 100م يشبهون إلى حد كبير سكان اليابان الحاليين من حيث اللغة والشكل العام.