ينتمي اليابانيون إلى العرق الجغرافي الآسيوي. انظر: الأجناس البشرية. ويشكل الصينيون والكوريون أكبر الأقليات في اليابان، إذ يعيش في اليابان حوالي 70,000 صيني، 675,000 كوري بالإضافة إلى 15,000 نسمة من الأينو الذين يعيش معظمهم في جزيرة هوكايدو في أقصى شمالي اليابان. تزاوج الكثير من الأينو مع اليابانيين وتبنوا الحضارة والتراث اليابانيَّيْن. يختلف بقية الأينو عرقيًا وحضاريًا عن اليابانيين. ويعتقد بعض العلماء أن الأينو يابانيون أصلًا طردوا باتجاه الشمال من قِبَل سكان اليابان الحاليين. انظر: الأينو، شعوب.
تعاني الأقليات في اليابان من الإجحاف والتحيز، وأكثرها معاناة مجموعة اليابانيين التي تُدعى إيتا أو براكومن الذين يبلغ عددهم نحو 3 مليون نسمة، جاءوا من القرى التي اشتهرت ببعض الأعمال كإعدام المجرمين، وذبح الأبقار ودباغة الجلود. وتعتبر البوذية، وهي إحدى الديانات الرئيسية في اليابان، هذه الأعمال ومن يعمل بها غير نظيف. لذلك فإن جماعة البراكومن، رغم عدم اختلافها عرقيًا عن سائر اليابانيين، تعاني من التمييز ضدها. فالكثير من البراكومن يعيشون منعزلين في الأحياء الفقيرة من المدن أو في قرى خاصة. وقد بدأوا حركة اجتماعية نشطة للحصول على معاملة أفضل، إلا أنهم لم يحققوا سوى نجاح محدود.