تتمتع اليابان بجمال طبيعي أخاذ، إذ تغطي الجبال والتلال حوالي 70% من مساحتها، كما تكثر فيها الشلالات المائية وتغطي جبالها الغابات التي تشغل 68% من مساحة اليابان. تقع اليابان على جزء غير مستقر للغاية من سطح الكرة الأرضية، مما جعلها عرضة للهزات الأرضية والثوران البركاني. تشهد اليابان سنويًا حوالي 1,500 هزة أرضية معظمها خفيفة لا تُحدث سوى أضرار بسيطة. أما الهزات العنيفة المدمرة فتحدث كل عدة سنوات. وتحدث هزات في قاع المحيط، ينجم عنها أمواج مدمرة تُسمى الموجة البحرية الزلزالية (تسونامي) . وفي اليابان ما يزيد على 150 بركانًا رئيسيًا، أكثر من 60 منها براكين نشطة.
ويجري في اليابان عدد كبير من الأنهار معظمها أنهار قصيرة ضحلة، وانحدارها الشديد لا يساعد على استخدامها للملاحة، إلا أنها تستخدم لري المزروعات وتوليد الطاقة الكهربائية. وتنتشر في جبال اليابان البحيرات التي يشكَّل بعضها في فوهات البراكين، كما تظهر ينابيع المياه الحارة في مناطق مختلفة في اليابان.
تبلغ مساحة الجزر اليابانية 377,708كم². والجزر الأربع الكبرى حسب حجمها هي: هونشو، هوكايدو، كيوشو ، شيكوكو، بالإضافة إلى آلاف الجزر الأصغر حجمًا. كما تشمل اليابان سلسلة جزر بوين وريوكيو. يقع المحيط الهادئ إلى جنوب اليابان وشرقها. أما بحر اليابان فيغسل شواطئ سواحلها الغربية، ويبلغ مجموع أطوال سواحل جزر اليابان الأربع الكبرى 7,448كم.
جبال الألب اليابانية أعلى جبال اليابان، وتوجد أعلى قممها في وسط جزيرة هونشو كبرى الجزر اليابانية. تزدهر الغابات الكثيفة على سفوح الجبال.
هونشو. كبرى الجزر اليابانية، إذ تبلغ مساحتها 227,414كم²، ويعيش عليها حوالي80% من سكان اليابان.