تمتد ثلاث سلاسل جبلية بجانب بعضها عبر شمالي الجزيرة. ويعيش معظم سكان هذه المناطق في أودية الجبال الصغيرة، ويعملون بالزراعة باعتبارها حرفة رئيسية. يقع سهل سينداي شرق السلاسل الجبلية، وعلى امتداد المحيط الهادئ. وغربي الجبال، يقع سهل إيشجو، الذي يمتد حتى بحر اليابان.
وتقع في وسط هونشو قمم جبال الألب اليابانية، وإلى الشرق من هذه الجبال تمتد سلسلة من البراكين التي تقطع وسط الجزيرة، أشهرها جبل فوجي أو فوجي ياما أعلى قمة في اليابان، وهو جبل بركاني خامد يرتفع نحو 3,776م فوق مستوى سطح البحر. ويُعدّ سهل كانتو أوسع السهول اليابانية، إذ يمتد ما بين جبال الألب وحتى المحيط الهادئ شرقًا. وهو مركز مهم للزراعة، وقد قامت عليه مدينة طوكيو. وهناك مركزان آخران للزراعة والصناعة، هما سهل نوبي وسهل أوساكا ويقعان في جنوب وغرب منطقة كانتو.
يتألف معظم جنوب غربي هونشو من جبال مموجة، أما القرى الزراعية وقرى صيد الأسماك، وبعض المدن الصناعية، فتتوزع على بعض السهول الصغيرة المتناثرة في المنطقة.
هوكايدو. ثانية كبريات جزر اليابان، إذ تبلغ مساحتها 78,073كم²، تقع في شمال اليابان. يعيش عليها حوالي 5% من سكان اليابان، ويتكون معظمها من التلال والجبال المغطاة بالغابات. يقع في جنوبها الغربي سهل إيشي كاري أكبر سهول هوكايدو، ومنطقة الزراعة الرئيسية فيها. يعتمد اقتصادها بشكل رئيسي على إنتاج الألبان، وصيد الأسماك، والغابات. كما أنها منطقة ترويحية، بفضل شتائها الطويل وتساقط الثلوج بكثرة عليها، مما جعلها مهيَّأة للر ياضات الشتوية.
المناطق الوعرة تغطي معظم أراضي كيوشو، إحدى الجزر الرئيسية في أقصى الجنوب. وتقع جزر مشجرة تشكل موانئ طبيعية صغيرة على امتداد الساحل الغربي للجزيرة.