كلف محمد الأمين باي الحبيب بورقيبة، رئيس الحزب الدستوري الجديد، برئاسة الوزراء في 4/10/1375هـ، 15/4/1956م. وفي الشهر نفسه اجتمع المجلس التأسيسي المنتخب لوضع دستور البلاد، وقد صدر الدستور فعلا في 24/12/1378هـ، 1/6/1959م، فانتخب بعد خمسة أشهر مجلس الأمة. وكان المجلس التأسيسي قد قرر في 28/12/1376هـ، 25/7/1957م إلغاء الملكية وإعلان الجمهورية، وسلَّم بورقيبة مقاليد رئاسة الجمهورية، وأعيد انتخابه إلى أن استنفذ دوراته القانونية ثم نودي به رئيسًا مدى الحياة. واستمر عهده إلى أن خلفه وزيره الأول زين العابدين بن علي في 16/3/1408هـ، 7/11/1987م.
وقد أولى بورقيبة اهتمامه باستكمال السيادة التونسية وبناء دولة عصرية، فبدأ في هذا المجال متأثرًا إلى حد بعيد بثقافته الفرنسية، بل وكان معجبًا بما حققه مصطفى كمال أتاتورك في تركيا من قبله فتأثر به. ومن إنجازاته توحيد القضاء وإصدار القوانين اللازمة، وأبرزها مجلة الأحوال الشخصية (1377هـ، 1957م) ، ونشر الخدمات الصحية، ونشر التعليم وتوحيده (1377هـ، 1958م) ، وقد أدى ذلك إلى إلغاء التعليم الزيتوني.
لكن النتائج التي حققتها تونس في هذه الميادين كانت مهمة، وخاصة برنامج التنظيم العائلي الذي حقق خفض نسبة التزايد السكاني إلى ما دون كل النسب المسجلة في بقية الدول العربية. وفي سنة 1377هـ، 1957م نفسها تم جلاء الجيوش الفرنسية عن كامل البلاد التونسية ما عدا بنزرت وأقصى الجنوب، وذلك على إثر عدوان فرنسي على قرية ساقية سيدي يوسف على الحدود الجزائرية. وتحقق الجلاء الكامل سنة 1383هـ، 1963م، بموجب اتفاق مع فرنسا على إثر معارك 1381هـ، 1961م.