اعترفت أغلب الدول الأوروبية والولايات المتحدة باستقلال سلوفينيا وكرواتيا. ولكن اعتراض اليونان على استخدام كلمة مقدونيا باعتبارها كلمة يونانية جعل كثيرًا من الدول لا يعترفون بمقدونيا دولة مستقلة. فقد خشيت اليونان أن تبسط الدولة الجديدة يدها على منطقة مقدونيا اليونانية في شمالي البلاد. ولما لم تنل مقدونيا اعترافًا واسعًا، فقد تعذر انضمامها إلى المنظمات الدولية والاستفادة من المساعدات الاقتصادية. وفي عام 1993م انضمت مقدونيا إلى الأمم المتحدة تحت اسم مؤقت هو جمهورية مقدونيا اليوغوسلافية السابقة، فاعترف بها كثير من الدول الأوروبية. وفي 1994م، فرضت اليونان حظرًا تجاريًّا على مقدونيا إذ منعتها من استخدام الموانئ اليونانية، مما حدا بالمفوضية الأوروبية أن تعلن عام 1995م بأن اليونان تنتهك قانون الاتحاد الأوروبي. وبدأت المفوضية الأوروبية بإحالة القضية إلى محكمة العدل الأوروبية. وفي عام 1995م رفعت اليونان الحظر التجاري على مقدونيا في مقابل تغيير علم مقدونيا، وألا تطالب مقدونيا بأراضٍ خارج نطاق حدودها الحالية.
وفي فبراير 2001م، خاض مقاتلو جيش التحرير الوطني الألباني حملة مسلحة ضد القوات الحكومية المقدونية، إلا أنهم وافقوا على تسليم أسلحتهم بعد تدخل قوات حلف شمال الأطلسي (الناتو) في أغسطس من العام نفسه. وتعهدت الحكومة المقدونية، بالمقابل، بإجراء تعديلات دستورية لتوسيع حقوق الأقلية الألبانية التي تشكل نحو ثلث سكان مقدونيا.