جاء التجار العرب إلى المنطقة حوالي عام 1850م، وبحلول ذلك الوقت كان الغاندا قد أنشأوا أغنى وأقوى مملكة سُمِّيت بوغندا، وكان لهذه المملكة جيش كبير ونظام حكم متطور جدا. وصل المكتشفون والبعثات التنصيرية من بريطانيا إلى أوغندا خلال ستينيات وسبعينيات القرن التاسع عشر. وفي عام 1894م، جعلت بريطانيا بوغندا محمية بريطانية. وفي وقت لاحق من تسعينيات القرن التاسع عشر، توحَّدت بوغندا وثلاث ممالك أخرى وكوَّنت محمية بريطانية. وحازت أوغندا حدودها الحالية في عام 1926م. وأصبحت المحاصيل النقدية مثل البن والقطن أساسًا لاقتصاد أوغندا. وبعد انتهاء الحرب العالمية الثانية في عام 1945م، أدَّى الإفريقيون دورًا متزايد الأهمية في حكم أوغندا، وأراد العديد من الغاندا أن تصبح مملكتهم مستقلة. أدّت حركة الاستقلال لاضطرابات خلال خمسينيات القرن العشرين بين الكاباكا ملك بوغندا وبين البريطانيين.
في 9 أكتوبر 1962م أصبحت أوغندا مستقلة،وصار أبولو ميلتون أبوتي، الذي ينتمي إلى مجموعة عرقية شمالية، رئيسًا للوزراء. حظيت بوغندا بسلطات وكانت أكثر استقلالًا عن الحكومة المركزية من الممالك الأخرى. وفي أكتوبر 1963م انتخب السير إدوارد موتيزا الثاني ملك (كاياكا) بوغندا رئيسا للبلاد، وقد نشبت خلافات خطيرة بينه وبين أبوتي. في عام 1966م قام أبوتي بطرد موتيزا وأعلن دستورًا جديدًا جعل أبوتي رئيسًا. هرب موتيزا حين داهمت القوات الحكومية مقره. وفي عام 1967م، أُقِرّ دستورٌ جديدٌ جعل أوغندا جمهورية، وألغى الممالك التقليدية في البلاد بما فيها بوغندا.
في عام 1971م، أطاح الجيش الأوغندي بأبوتي وأقام حكومة عسكرية. ترأس اللواء عيدي أمين دادا قائد الجيش الحكومة الجديدة.