في يوليو 1985م أطاح قادة عسكريون بأبوتي وحلّوا الجمعية الوطنية وسيطروا على الحكم. وأصبح الجنرال تيتو أوكيلو رئيسًا، إلا أن حركة المقاومة الوطنية بقيادة يوري موسيفيني بدأت حملة عسكرية للإطاحة بأوكيلو. استولت قوات حركة المقاومة الوطنية على كمبالا في يناير 1986م، وأصبح موسيفيني رئيسًا للبلاد. وبنهاية عام 1986م، كان قد أعاد السلام إلى معظم أنحاء أوغندا، ولكن القتال استمر في الحدود الشمالية والشرقية، وعانت البلاد من الدمار الاقتصادي الذي تسبب فيه سنوات الحرب وعدم الاستقرار السياسي. أطلق على الهيئة التشريعية بالبلاد اسم المجلس الوطني للمقاومة في الفترة بين 1986 و1994م. وتغير اسم المجلس إلى الجمعية التأسيسية في مارس 1994م. بدأت الجمعية في مناقشة مسودة دستور للبلاد أعدتها لجنة عينها الرئيس موسيفيني، وأجازت الجمعية الدستور الجديد عام 1995م. أجريت انتخابات رئاسية وأخرى برلمانية، عام 1996م، لاختيار نواب البرلمان الذي استبدل بالجمعية التأسيسية. أعيد انتخاب موسيفيني رئيسًا للبلاد في ذلك العام، وانتخب مرة أخرى عام 2001م. وفي عام 1999م، وقعت أوغندا وتنزانيا وكينيا على اتفاقية أعيد بمقتضاها تكوين تجمع شرقي إفريقيا الذي يهدف إلى تعزيز التعاون الاقتصادي والسياسي بين هذه الدول. وفي عام 2001م، تم تدشين أعمال التجمع بصفة رسمية.