نفى الحكم السوفييتي عشرات الآلاف من الإستونيين المعارضين له إلى مجاهل سيبريا، واستمر الصراع ضد السوفييت لسنوات طويلة بعد الحرب، حيث بدأت حركة حقوق الإنسان في الستينيات. وفي أواخر ثمانينيات القرن العشرين، نشطت الحركة القومية، عندما نادى ميخائيل جورباتشوف بسياسة الانفتاح. وأعلن البرلمان الإستوني سنة 1990م عدم مشروعية القرار الذي ضم الاتحاد السوفييتي بمقتضاه إستونيا إلى أراضيه، وطالب بالاستقلال. وعقب إخفاق حركة التمرد الشيوعية في الاتحاد السوفييتي ضد جورباتشوف أغسطس 1991م، أعلن البرلمان الإستوني الاستقلال التام، واعترفت بذلك السلطات السوفييتية في سبتمبر. وفي ديسمبر 1991م، انهار الاتحاد السوفييتي إلى جمهوريات مستقلة. وبعد الاستقلال، أجرت إستونيا إصلاحات اقتصادية قلصت بموجبها سيطرة الحكومة على كثير من الأنشطة الاقتصادية. وبمنتصف تسعينيات القرن الماضي، آلت كثير من المنشآت للقطاع الخاص. وطدت إستونيا المستقلة علاقاتها السياسية والاقتصادية مع دول غرب أوروبا، بينما برزت خلافات مع جارتها روسيا وبخاصة حول حقوق الروس الذين يعيشون على أراضيها وسعت إستونييا للانضمام للاتحاد الأوروبي وحلف شمال الأطلسي.وافق الاتحاد الأوروبي في اجتماعه الذي عقد في كوبناجن بالدنمارك في ديسمبر 2002م على انضمام عشر دول للاتحاد بينها إستونيا بحلول شهر مايو 2004م.
انظر أيضًا: البلطيق، دول؛ تارتو؛ تالين.