ومع نهاية القرن الثالث عشر الميلادي، زار الرحالة الأوروبي ماركو بولو الصين، ومن خلاله عرف الأوروبيون الجزر اليابانية. وقد وصف اليابان بأنها أرض الذهب والثراء. وفيما بعد، حاول آخرون الوصول إلى اليابان، ومنهم كريستوفر كولمبوس الذي أبحر غربًا من أوروبا قاصدًا اليابان أو الهند الشرقية عام 1492م. وكان البحارة البرتغاليون أول الأوروبيين الذين يصلون إلى اليابان، وذلك عام 1543م. وفي عام 1549م، وصل منصِّر أسباني إلى كاجوشيما في جنوب كيوشو، وأخذ ينشر الكاثوليكية الرومانية، ورحب به اليابانيون. وفي مطلع القرن السابع عشر وصل إلى اليابان تجار هولنديون وإنجليز.
عهد طوكيوجاوا. سيطر محارب عظيم يدعى هايديوشي على اليابان عام 1585م وحتى وفاته عام 1598م. حاول إنشاء إمبراطورية عظمى تشمل الصين، غير أن جيوشه لم تتجاوز كوريا التي حاول احتلالها مرتين عام 1592م وعام 1597م دون نجاح. وفي عام 1603م، تولى الأمر أحد نوابه واسمه إياسيو شوغن. وحكمت عائلته المسماه طوكيوجاوا اليابان لأكثر من 250 عامًا. كان إياسيو عبقريًا، فأنهى الحروب الداخلية وبنى قلعة، وأسس حكومة له في إيدو، وسميت عام 1868م باسم طوكيو.
خاف إياسيو أن تكون بعثات التنصير مقدمة لغزو أوروبي لبلاده، لذلك طرد المنصِّرين. وأجبر النصارى اليابانيين على التخلي عنها، وقتل من رفض منهم ذلك. وانتهت النصرانية تقريبًا من اليابان مع حلول عام 1640م.
قطعت الحكومة روابطها مع الخارج وعزلت نفسها عن بقية العالم خلال الثلاثينيات من القرن السابع عشر الميلادي. فمُنع اليابانيون الموجودون في الخارج من العودة، وقتل بعض البحارة من الأوروبيين الموجودين في اليابان، ولم يبق تعامل مع الأوروبيين سوى مع الهولنديين، وذلك لعدم ارتباطهم بإرساليات المنصرين، وسمح للهولنديين بإرسال سفينة تجارية واحدة سنويًا لليابان.