بدأت البرتغال علاقات تجارية مع سكان تيمور في القرن السادس عشر الميلادي، ثم ما لبثت أن سيطرت على الجزء الشرقي من الجزيرة خلال القرنين السابع عشر والثامن عشر الميلاديين. وسيطرت هولندا خلال الفترة نفسها على الجزء الغربي من الجزيرة ومعظم أراضي إندونيسيا. وفي عام 1859م، اتفقت البرتغال وهولندا على تقسيم الجزيرة فيما بينهما بموجب معاهدة لشبونة. وفي عام 1899م، أصبحت تيمور الشرقية مستعمرة برتغالية أطلق عليها اسم تيمور البرتغالية. وفي عام 1942م، وخلال الحرب العالمية الثانية احتلت اليابان تيمور. وعندما وضعت الحرب أوزارها عادت الجزيرة إلى السيطرة البرتغالية.
وفي عام 1975م، انسحبت البرتغال من تيمور الشرقية، واندلعت حرب أهلية خاطفة. وفي نوفمبر من العام نفسه أعلن أحد أطراف النزاع، الجهة الثورية لتيمور الشرقية المستقلة، استقلال تيمور الشرقية. وفي ديسمبر ضمت إندونيسيا الجزء الشرقي من الجزيرة لسيادتها. وفي يوليو 1976م، جعلت إندونيسيا من تيمور الشرقية مقاطعتها السابعة والعشرين إلا أن الأمم المتحدة لم تعترف بالسيادة الإندونيسية على الإقليم.