لهذا ميز القرآن بين مسجد التقوى والثاني مسجد الضرار، ودعا الى الاقامة في الاول وحذر من الثاني:"والذين اتخذوا مسجدًا ضرارًا ... ....".
والوظيفة الثانية من وظائف المسجد هي التعليم بجميع أنواعه ثم استمر يقو بالتعليم الثانوي والجامعي حتى مطلع العصور الحديثة حيث عمدت قوى العدوان الخارجي الى سلب وظيفة التعليم واسندتها الى المدرسة الحديثة التي وفدت الى العالم الاسلامي في ركاب المستعمر والتي تختلف في أهدافها ومناهجها عن المدرسة الاسلامية التي عرفتها مساجد العالم الاسلامي.
والوظيفة الثالثة للمسجد هي القيادة والادراة التي برزت واضحة في عصر الرسول صلى الله عليه وسلم ثم انتقلت الى مؤسسات خاصة ظلت تأتمر بتوجيهات القرآن الكريم والفقه الشرعي حتى أوائل القرن حيث أصابها ما أصاب التعليم على أيدي قوى الاستعمار.