عام 1966م بالانقلاب العسكري الذى أودي بحياة ذلكما الرئيسي النجيبين الحاج أبي بكر تفاو بليوا والحاح أحمد بلو فتأسف الشيخ أبى بكر جومي وحزن عليهما حزنا شديدا.

الفترة الثانية: فترة الاضطراب من عام 1966 حيث كانت عدة انقلابات وقامت فيها الحرب الأهلية التي أعلنها الثائر أو جوكو يوم 30 مايو 1967. ودامت ثلاثين شهرا بين حكومة نيجيريا والمتمردين عليها. وأعلن في هذه الفترة قيام دولة ينافرا ومات ضحية هذه الأحداث عدد غير قليل من الأهالي والجيش.

ثم استتب الأمن تحت سلطة الجنزال يعقوب غوون من عام 1970 إلى عام 1975م. وهذه هي الفترة الثالثة.

الفترة الثالثة: هي فترة ما بعد الحرب الأهلية واجتماع الكلمة وتوحيد البلد. وذلك في أيام الحنرال يعقوب عغوون الحاكم العسكري الذى قاوم ثورة (الإيبو) وانتصر عليهم وقسم نيجيريا إلى 12 ولاية وذلك عام 1967، الوطنية عام 1973م. وفي آخر يوليو 1975م حضر الرئيس غوون اجتماع مؤتمر الدول الإفريقية في أوغندا فكان الانقلاب السلمي ضد حكومته حث امتطى عرش الدولية الرئيس مرتضى محمد الذى أعلن الحرب ضد الفساد وتبذير أموال الدولة وزاد عدد الولايات فارتفعت من 12 إلى 19 ولاية. وقد أعلن ذلك قبل عشرة أيام من اعتياله. وكانت أيامه 201 يوم. وحزن الشيخ جومي على موت هذا الرئيس حزنا شديدا لأنه كان يتعاون معه على تنفيذ المشاريع التي خططها لنصرة الإسلام منذ عهد أحمد بلو. ثم تولي بعده الحنزال أوبا سنجو الذى سلم الأمر إلى المدنيين عام 1979م.

الفترة الرابعة: فترة الحاكم المدني (1979م- 1983م) على يد الرئيس شيهو شاغاري الذى كان زميلا الشيخ أبى بكر جومي في أيام دراستهم في الصغر كما تقدم. ولقد شارك الشيخ أبى بكر جومي في إقامة هذه الحكومة بتأييده لها علنا ودعوته الناس إلى انتخاب حزب زميله (N. P. N) . وكان هذا الرئيس يحترمه ويستشيره ويقدر رأيه ومشورته. وصاحب هذه الفترة ظهور حركة جماعة إزالة البدعة وإقامة السنة التي انعكست فيها دعوة الشيخ أبى بكر. وسيأتي الحديث عنها في مبحث مستقل.