وعلى الرغم من السيادة العثمانية في اليمن، والتنظيم الإداري العثماني فيه، وقوة الدولة العثمانية وشبابها وقتذاك، إلا أن نفوذ أئمة اليمن من الزيديين ظل قويًا وفاعلًا، وامتد إلى مناطق كبيرة من البلاد اليمنية، خاصة في المناطق الجبلية، وحصن الأئمة الزيديون مدينة تعز التي احتلها الوالي العثماني الجديد على اليمن أُوَيس باشا الذي وصل إلى اليمن عام 953هـ، 1546م. واستطاع هذا الوالي أن يوطد السيادة العثمانية على منطقة أوسع، وخاصة في المناطق الجبلية التي لم يصل إليها العثمانيون. واستطاع الوالي أن ينظم جندًا محليًا من اليمنيين يعملون جنبًا إلى جنب مع القوات العثمانية، لكن العسكر غدروا به وقتلوه. فتولى الأمر أزدمر باشا وهو من العسكر العثمانيين في اليمن. وأزدمر باشا مملوكي من الشركس، انتظم في خدمة العثمانيين، وعين واليًا على اليمن برتبة باشا. ومن أعماله في اليمن: محاربة الأئمة الزيديين، ودخول صنعاء، وجعلها مركزًا للولاية العثمانية ومكانًا لإقامة الباشا.