وعقد الحاكم المؤقت الجديد العزم على وضع دستور يعلن روما جمهورية. وعهدت جمعية تأسيسية بالسلطة التنفيذية إلى حكومة ثلاثية مؤلفة من مازين، و کارلو أرميلين، وأوريليو سافي (26) . وفي 9 شباط/فبراير 1849، خلعت الجمعية البابا رسميا من منصبه كرئيس للحكومة المدنية في الدولة الرومانية. وضمن المرسوم للحبر الأعظم ممارسة تامة لقيادته الروحية، ولكنه نص على أن تكون الدولة الرومانية ديمقراطية بالكامل تحت اسم الجمهورية الرومانية (27)

فدعا اتحاد قوى كاثوليكية إلى الاجتماع في غيتا بمبادرة إسبانية شاركت فيه فرنسا والنمسا وإسبانيا ونابولي. وفي 3 تموز يوليو 1849، وصل الجنرالان الفرنسي والإسباني نيكولا شارل فيكتور كيدينو، وفرناندو فرنانديز دي کوردو با يقال كارسيل إلى شيفيتافيكيا بمساعدة عملاء الحلف المقدس، واخترقا خطوط الدفاع الروماني بقيادة جوزبي غاريبالدي (28) . فاحتلا العاصمة، في حين احتلت جيوش القوى الأخرى بقية الدويلات البابوية. وفي 12 نيسان إبريل 1850، تمكن بيوس التاسع من العودة إلى روما. ومع ذلك، فقد بلغت سلطة البابا المؤقته غايتها.

لقد أصبح كاميليو بتسو، کونت کافور، المهندس الكبير للوحدة الإيطالية و تلاشي الدويلات البابوية. وكان رئيس وزراء بييمون منذ العام 1852 قد وضع خطة من نقطتين: كنيسة حرة في دولة حرة"، وروما عاصمة إيطاليا الموحدة (29) "

وشرع فيكتور إيمانويل الثاني من سافوا، ملك بييمون، باحتلال الأراضي الصالح إيطاليا الجديدة بمساعدة غاريبالدي. وطلب من البابا منح أتباعه الجدد حقوق المواطنين البييمونيين نفسها التي يتمتعون بها، والموافقة على ضم بعض المناطق التي كانت جزءا من الدويلات البابوية، مثل رومانيا. وعملا بنصيحة الكردينال أنتونيلي، رفض بيوس التاسع هذا الطلب."لا يمكنني التخلي عما لا يخصتي"، شرح البابا للإمبراطور نابوليون الثالث. ويعود السبب الآخر إلى خشيته من انتقال السياسات العلمانية للحكومة إلى الدويلات البابوية (30) .

في منشوره العام لا أحد على يقين الذي صدر في 19 كانون الثاني (يناير 1860، رفض بيوس التاسع الهجمات المنتهكة لسيادة الكنيسة الرومانية"وطالب"بإعادة ما