كان من المفترض بهؤلاء السفر إلى إدينبرغ والاتصال بلوردات يدعمون قضية ماري، على أن يتولى فيليب الثاني والبابا مهمة تمويل العملية. ووضع هنري الثالث الذي كان قد عين نفسه قائدا للعملية الخطة العسكرية بالتفصيل. فنشر على خارطة الاسكتلندا عملات معدنية صغيرة ترمز إلى عشرين ألف جندي، وهو عدد غير واقعي للمنطقة. وخططت ماري ستيوارت لإرسال ابنها جيمس السادس المخلوع عن عرشه إلى إسبانيا بحماية فيليب الثاني بهدف اعتناق الكاثوليكية.

لتجنب مواجهة هذا الاحتمال، قام والسينغهام بالإعداد لعملية مضادة. ففي آب/أغسطس 1582، أمر إيرل غوري، وهو عدو دو بينيي، باعتقال جيمس السادس واحتجازه في قلعة رولفن حتى يتسلم البروتستانت الحكم في إدينبرغ بشكل آمن.

بعد أسبوع من اعتقال الملك، فر إسميه دو بيئيي، دوق لينوکس، من اسكتلندا ولجأ إلى فرنسا، وتمكن عملاء والسينغهام من إلقاء القبض على الكاهن اليسوعي هولت. وبعد اعترافه تحت التعذيب بمشاركته والحلف المقدس في المؤامرة، شق من دون محاكمة. وفر الأب کريشتون إلى روما، في حين فر الأب بار سنز إلى فرنسا حيث استمر في العمل لصالح الحلف المقدس. وفر الأب كامبيون أيضا من اسكتلندا ولكن ألقي القبض عليه في إنكلترا بعد فترة قصيرة. وتعرض للتعذيب بعد سجنه في البرج، وأعدم في تاييرن في 1 كانون الأول/ديسمبر.

في العام 1583، استمر صدى المسألة الاسكتلندية في التردد في الحياة السياسية في أوروبا في أواخر القرن السادس عشر. وفي 29 حزيران/يونيو من ذلك العام، أعيد جيمس إلى عرش اسكتلندا. ومذاك الحين، وبعد معرفته بأن والدته ماري ستيوارت شاركت في المؤامرة لخلعه عن العرش، قرر قطع كل علاقة بهما. وهكذا، باتت اسكتلندا بشخص ابن ماري الوحيد، وبنظر إنكلترا، متخاصمة رسمية مع ملكتها السابقة

كان غريغوريوس الثالث عشر بصحته الضعيفة و أعوامه الثلاثة والثمانين لا يزال يملك النشاط لتوجيه ضربة قاسية: لقد أمر الحلف المقدس باغتيال وليام أمير أورنج. وكان الأمير البروتستانتي قد نجا من محاولة لاغتياله قبل عامين فقط. ففي أوروبا في أواخر القرن السادس عشر، كان الاغتيال السياسي القاعدة أكثر منه الاستثناء.