يتفاعل الصوديوم والعديد من الفلزات النشطة مباشرة مع الماء مطلقة الهيدروجين من الماء حتى عند درجة حرارة الغرفة. وتحرر الفلزات الأقل نشاطًا، مثل المغنسيوم، الهيدروجين من البخار. انظر: السلسلة الدافعة الكهربائية. ويتفاعل الخارصين والعديد من الفلزات الأخرى مع الأحماض بصورة أفضل من تفاعلها مع الماء، وتُستخدم هذه الفلزات في بعض الأحيان لتحل محل هيدروجين المحاليل الحمضية في الماء.
مركبات الهيدروجين. يتحد الهيدروجين مباشرة مع العديد من الفلزات النشطة، ولكن تُصنع معظم مركبات الهيدروجين بطرق غير مباشرة. وتنطلق كمية كبيرة من الحرارة نسبيًا عند اتحاد ذرتين من الهيدروجين لتكوين جزيء منه. وقدرة الهيدروجين على الاشتعال مكنته من أن يكون مفيدًا في إنتاج العديد من المركبات. فعلى سبيل المثال، ينفجر خليط من الهيدروجين والأكسجين بعنف عند اشعاله بشرارة. ويشتعل الهيدروجين بلهب حار منتجًا الماء في وجود هواء أو أكسجين. ويشتعل الكلور في وجود الهيدروجين مكونًا غاز كلوريد الهيدروجين عديم اللون HCL. كما يعرف محلول كلوريد الهيدروجين في الماء بحمض الهيدروكلوريك.
تُصنع كميات كبيرة من غاز النشادر NH3 بعملية هابر باتحاد الهيدروجين والنيتروجين. وتحُضّر بقية مركبات الهيدروجين بطرق غير مباشرة من ضمنها مركبات فوق أكسيد الهيدروجين (H2O2) وحمض الخل (CH3COOH) والكحول الأثيلي (C2H5OH) . ويتحد الهيدروجين مباشرة مع العديد من المركبات تحت ظروف مناسبة. فيتحد الهيدروجين مع أول أكسيد الكربون (CO) بطريقة باترت مكونًا الميثانول أو كحول الخشب (CH3OH) . ويتحد أيضا مع الدهون السائلة مكونًا شحومًا صلبة. وتدعى هذه الطريقة بالهدرجة،وتستخدم لتحويل الزيوت النباتية إلى سمن شبه صلب يستخدم في الطهي. انظر: الهدرجة.