في عام 1986م، عاد بوكاسا إلى جمهورية إفريقيا الوسطى ولكن الحكومة اتهمته بارتكاب جرائم عديدة خلال فترة حكمه، بما في ذلك القتل والتعذيب. وفي عام 1987م، أدانت إحدى المحاكم بوكاسا بالاختلاس والتورط في العديد من أعمال القتل، وحُكم عليه بالإعدام، استأنف بوكاسا ضد قرار الإدانة ورفض استئنافه، ولكن في عام 1987م خفف الحكم إلى السجن مدى الحياة، وأفرج عنه عام 1993م. وفي منتصف تسعينيات القرن العشرين، ثار متمردون من الجيش على حكومة الرئيس باتاسي عدة مرات. قتل مئات المواطنين وشرد الآلاف غيرهم خلال المعارك بين المتمردين والقوات الموالية للرئيس. أنهت إتفاقية وقف النار التي تم توقيعها عام 1997م، حالة الحرب بين المتمردين والحكومة. وفي عام 1999م، تم إعادة انتخاب باتاسي لفترة رئاسية أخرى. وفي سبتمبر 2003م، أطاح انقلاب عسكري بالرئيس باتاسي عندما كان يحضر فعاليات قمة دول الساحل والصحراء في النيجر. لجأ باتاسي إلى الكاميرون واتخذ من أحد فنادق مدينة ياوندي سكنًا له.
انظر أيضًا: الأوبانجي، نهر؛ بانغي.