امتدَّ القتال، أثناء الحرب بين إيران والعراق، إلى منطقة الخليج العربي. وأصبحت سفن الشحن الكويتية، وسفن دولٍ أخرى عديدة أهدافًا للهجمات. وفي عام 1987م، وافقت الولايات المتحدة على المساعدة في حماية السفن الكويتية. ووقعت اشتباكات بين الولايات المتحدة وإيران. وعلى سبيل المثال، وضعت إيران ألغامًا في طرق سفن الشحن، وأطلقت النار على سفن الولايات المتحدة وعلى طائرات مروحية كانت قد أُرسلت إلى الخليج. شمل رد الولايات المتحدة على هذه الأعمال إغراق ثلاثة قوارب دوريات إيرانية وتدمير منصات نفط في الخليج كانت إيران تستخدمها كقاعدة عمليات. وفي يوليو 1988م، أسقطت سفينة الحرب (فِنْسَنْس) التابعة لبحرية الولايات المتحدة طائرة ركاب إيرانية مدنية، وقال المسؤولون الإيرانيون إن 290 شخصًا قد قتلوا.
اتفقت إيران والعراق على وقف إطلاق النار في حربهما في أغسطس 1988م. وبدأت المفاوضات من أجل اتفاقية سلام دائم بعد بدء وقف إطلاق النار بفترة قصيرة.
مات آية الله الخميني عام 1989م. واختار كبار قادة إيران الدينيين علي خامنئي ليخلف آية الله الخميني كفقيه، وكان خامنئي رئيسًا لإيران، وتم اختيار هاشمي رفسنجاني (الذي كان يشغل رئيس البرلمان) رئيسًا جديدًا لإيران، ثم أعيد انتخابه عام 1993م. وفي الانتخابات البرلمانية التي أجريت في أبريل 1996م، عين علي أكبر ناطق نوري رئيسًا للبرلمان. وبعد أن أكمل رفسنجاني فترة ولايته الثانية خلفه محمد خاتمي الذي فاز في انتخابات عام 1997م. وفي يونيو 2001م، أكد خاتمي أحقيته بمنصب رئيس البلاد بعد أن نال أكثر من 80% من أصوات الشعب وبدأ فترة ولايته الثانية.