تخلو المناطق الداخلية من المدن، إلا أن هناك مدينتين تقعان في الطرف الجنوبي هما: هوهوت وباوتو، وتستخدمان بوصفهما مركزين تجاريين للجزء الصيني من الصحراء. وهناك سكك حديدية تربط المدينتين الصينية جينينج والعاصمة المنغولية، أولان باتور. وتقوم الشاحنات والجمال، في الصيف، بنقل البضائع عبر الصحراء.
عثر علماء الآثار على دلائل تشير إلى وجود حضارة قديمة في جوبي. فقد تجوّل القائدان المنغوليان جنكيز خان وقبلاي خان في الصحراء خلال العصور الوسطى. وبنى الصينيون سور الصين العظيم قرب جوبي لحمايتهم من هجمات سكان الشمال، واستطاع جنكيز خان اقتحام السور في القرن الثالث عشر الميلادي، واحتل جزءًا كبيرًا من الصين. انظر: سور الصين العظيم.