في عام 1779م تسلّم جونز قيادة السفينة بونهوم رتشارد، وفي 23 سبتمبر قابل أسطوله قوة عسكرية بحرية بريطانية مواكبة لحماية السفن في بحر الشمال. وهاجمت السفينة بونهوم رتشارد قائد القوة التي كانت أكبر وأفضل تسليحًا من أسطول جونز. واستمر الهجوم لمدة ثلاث ساعات واستسلم البريطانيون بعد نهاية الحرب. كانت هنالك محاولة لترقية جونز إلى رتبة عميد بحري، لكن المحاولة باءت بالفشل وأُعطي جونز ميدالية ذهبية. ودرس جونز الخطط (التكتيكات) البحرية على السفن الفرنسية وكتب عنها. وطلبت الإمبراطورة كاثرين إمبراطورة روسيا من جونز عام 1787م الخدمة في أسطول البحر الأسود، الذي كان يحارب الأتراك ورقَّته إلى رتبة عميد بحري. ولم يتعاون معه الضباط الروس فذهب عام 1789م إلى باريس.
وعُيّن جونز مفوضًا أمريكيًا في الجزائر عام 1792م لكنه مات قبل أن يصل قرار تعيينه، إلى باريس.