4 -استخلاص المادة الوراثية من العينات الحيوية، وذلك باستخلاص المادة الوراثية لكل من الذكر والأنثى بمعزل عن بعضهما، حتى تظهر النتائج من مصدر واحد بدون اختلاط، ويمكن بالتالي تحديد النمط الوراثي لكل منهما بشكل منفرد.
5 -مرحلة التقدير الكمي بالتعرف على الكمية الموجودة من المادة الوراثية في العينة الحيوية، وتعود أهمية هذه المرحلة إلى أن كمية المادة الوراثية إن زادت عن التركيز المطلوب أو قلّت عنه فإنها تؤثر في النتيجة الصحيحة.
6 -مرحلة التفاعل الأنزيمي الذي يعمل على مضاعفة نسخ المواقع الوراثية المحددة في العينة موضع الفحص، مما يسمح بإمكانية قراءة سلاسل الوحدات البنائية المكونة لكل موقع وراثي محدد.
7 -مرحلة التحليل الجيني بواسطة جهاز التحليل الذي يقوم بفصل السمات الوراثية لكل موقع وراثي والتعرف عليها بخاصية الفصل الكهربي التي تظهر في النتيجة النهائية في رسم بياني على شكل أرقام.
8 -قراءة النتائج وتفسيرها للتأكد من صحة الأنماط الوراثية الناتجة من تحليل المادة الوراثية في أجهزة الحقن. ولكل مختبر معاييره الخاصة في تفسير وقراءة النمط الوراثي، واستخدام وإنشاء قواعد البيانات، بناء على دراسات تقيِّم صلاحية الأجهزة والمحاليل المستخدمة في الفحص.
9 -كتابة التقرير الفني، إما بتطابق الأنماط الوراثية لعينة جيوية مع الأنماط الوراثية لعينة أخرى، أو بعدم المطابقة بينهما، وإما بانعدام القطعية لعدم جودة العينة الحيوية محل الفحص - مثلًا -.
من أجل ذلك: أوصى المجمع الفقهي لرابطة العالم الإسلامي في دورته السادسة عشرة المنعقدة بمكة المكرمة في شهر شوال 1422 هـ بما يلي:
أ- أن تمنع الدولة إجراء الفحص الخاص بالبصمة الوراثية إلا بطلب من القضاء، وأن يكون