هناك الوجود واللاوجود، فالوجود هو الذرات، واللاوجود هو الفراغ. ومن هنا، فالذرات هي مكونات صلبة غير قابلة للتجزئة، منعزلة عن بعضها البعض بفواصل من الفراغ. أما حجمها الحقيقي، فيصعب إدراكها بحواسنا. قد تبدو لينة أو صلبة، منحنية أو دائرية، ولايمكن تحويلها أو تغييرها بسبب صلابتها وحدتها [1] .

وتتحرك الذرات في الكون في شكل دوامة أو زوبعة، وتكون مصدرا لكل العناصر، من الشمس حتى النفس [2] . وتتضمن جميع المواد الأولية كالماء، والهواء، والنار، والتراب. وتتحرك هذه الذرات في الفراغ اللامتناهي إلى الأبد [3] . وقد تتداخل هذه الذرات وتتآلف، دون أن تختلط أو تتشابه، ثم تنفصل عن بعضها البعض [4] .

وتطبع هذه الذرات مجموعة من المراحل، كمرحلة التجمع، ومرحلة التفسخ، ومرحلة الانفصال، ثم مرحلة التجمع من جديد. وتتحكم ثنائية الملاء والفراغ في تحريك الذرات في الكون اللامتناهي. وتخضع هذه الذرات لخاصيات ثلاث هي: الشكل، والنظام، والموقع. وقد تحدث أرسطو عن هذه الخاصيات الثلاث في كتابه (الميتافيزيقا) . [5]

وقد آمنت الفيتاغورية بالحياة، على الرغم من تعاقب الموت والحياة. وقالت أيضا بالمصدر الإلهي للنفس، وخلود النفس بعد الموت، وأن الجسد هو سجن للنفس، بعد ارتكاب الخطيئة، ولن تتخلص من ذلك إلا بالتطهير والزهد والعبادة.