كانت بداية اشتعال الفتنة بالكوفة، وقد تم نفي رجالها إلى الشام, ثم استقر أمرهم عند عبد الرحمن بن خالد بن الوليد بالجزيرة، ثم رجعوا إلى الكوفة بعد مكاتبة يزيد بن قيس لهم بالمجيء للكوفة.
كانت سياسة عثمان - رضي الله عنه - في التعامل مع الفتنة قائمة على الحلم والتأني والعدل، وقد اتخذ عدة أساليب لمواجهتها, منها: إرسال لجان تفتيش وتحقيق، كتب إلى أهل الأمصار كتابا شاملا بمثابة إعلان عام لكل المسلمين، مشورة عثمان لولاة الأمصار، إقامة الحجة على المتمردين، الاستجابة لبعض مطالبهم.