يعمل على رأس الوزارة الوزير وهو أحد العلماء المشهود لهم بالصلاح ولا نزكي على أحدًا ويوجد له نائبان النائب الإداري والنائب الفني، وتتفرع عن الوزارة سبع رئاسات لكل منها ميدان خاص للعمل وهي:-

1 -رئاسة الدعوة والإرشاد، ووظيفة هذه الرئاسة وضع الخطط والبرامج للدعوة وإرسال الدعاة إلى الجوامع والمساجد للأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وتكون حلقات الدعوة والاهتمام بالأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في القرى والأرياف وهي تتكون عن العلماء والوجهاء المحليين تحت إشراف إمام المسجد فيقومون بهذه الوظيفة طبق اللوائح التي أعطيت في الأمر لهم من قبل الوزارة.

2 -رئاسة مكافحة المنكرات: ووظيفة هذه الرئاسة محاربة المنكرات بالقوة وردع فاعلي المنكرات في المدن الكبيرة والأرياف ولها صلاحية التغيير باليد دون غيرها من الإدارات، ويتم التغيير باليد طبق اللائحة المرتبة من قبل الوزارة التي حددت المنكرات كما حددت لها التعزيرات والتأديبات حتى لا يكون النهي عن المنكر منكرًا.

3 -رئاسة تنسيق أمور العلماء: وتقوم هذه الرئاسة بتنسيق أمور العلماء في كل أفغانستان في شؤون الدعوة والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر والتصدي للمستجدات على ساحة الدعوة إلى الله تعالى.

4 -رئاسة الأمور الإدارية.

5 -رئاسة الإعلام والنشرات: ووظيفة هذه الرئاسة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر عن طريق البرامج الإذاعية من المركز والإذاعات المحلية في الولايات وتبصير الناس بأمور دينهم وما عليهم من الواجبات الدينية، وكذلك تهتم هذه الرئاسة بالدعوة عن طريق الإعلام المطبوع بواسطة كتابها الذين يكتبون المقالات في الجرائد اليومية أو غيرها من الدوريات والمجلات، وتنوي الوزارة إصدار مجلة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر عن طريق هذه الرئاسة.